1597（慶長2）年本願寺第12代教如上人を開基として、聞法道場として建立された。

教如上人が1593（文禄2）年豊臣秀吉によって退隠させられた際、上人を慕う湖北門徒は五村の地に坊地を寄進して上人をお迎えしようとしたという。このような経緯があり五村の郷士であった大村刑部が中心となり多賀山十念寺跡に一宇を建立したのが、五村別院の創であると伝えられている。

1603～1604（慶長8～9）年教如上人による東本願寺両堂創建によって五村の坊舎は「元の本願寺」と称され、その後、順次整備がなされた。

現在の本堂は、1730 （享保15）年に再建され、国の重要文化財に指定されている。本堂北余間の厨子には教如上人の御寿像が奉掛されており、本堂西南に教如上人の遺骨が納められた御廟があり五村別院の歴史を今に伝えている。 教如上人の命日である10月5日には、「五日講」の法要がお勤めされ多数の参拝者が集っている。