大津別院は、1599（慶長4）年、本願寺第12代教如上人によって近江門徒衆に設立が諮られ、翌年1600（慶長5）年６月に竣工し、当時は大津御堂、あるいは大津御坊と称した。

教如上人は、1600（慶長5）年7月には、関東に赴いて、徳川家康を見舞い、9月15日に決着をみた関ケ原戦直後の20日、家康の上洛凱旋を大津で迎えた。また、上人は、1602（慶長7）年の家康上洛の節にもここまで出迎え、坊舎を家康の宿舎として提供したと伝えられている。

その後、1650（慶安3）年に本堂の再建がなされた。これが現在の本堂で、1670（寛文10）年に再建された書院とともに、国の重要文化財に指定されている。 また、2020（令和2）年10月、別院庫裡の新築がなされ、崇敬区域の寺院と関係を保ちながら、別院として地域の教化を進めている。